Dos días después de la toma de posesión de Madero, el presidente envió un representante a Morelos pidiendo que Zapata licenciara sus tropas. Zapata puso como condiciones que el gobernador del EstadoAmbrosio Figueroa fuera removido del cargo, el retiro de las tropas federales, indulto y salvoconductopara los integrantes de su ejército y el establecimiento de una ley agraria que mejorara la calidad de vida en el campo. Madero rechazó las condiciones y envió al ejército a Villa de Ayala, donde establecieron un cerco y abrieron fuego con la intención de terminar con el movimiento. Zapata y sus hombres lograron huir al estado de Puebla, y el 28 de noviembre dieron a conocer el Plan de Ayala, documento redactado por Otilio Montaño y firmado por elementos del Ejército Libertador del Sur.⁸⁸ En dicho documento se acusó a Madero de haber impuesto al vicepresidente y los gobernadores de los estados en contra de la voluntad popular, se le acusaba de dictador y estar «en contubernio escandaloso con el partido científico, hacendados feudales y caciques opresores enemigos de la revolución». Además se reconocía como «Jefe de la Revolución» a Pascual Orozco y, en caso de que éste no aceptara, quedaría como jefe Emiliano Zapata.⁸⁹

Al enterarse del Plan de Ayala, el presidente Madero redobló los esfuerzos por terminar con el movimiento sin conseguirlo, lo que al mismo tiempo lo llevó a una mayor enemistad con los hacendados.⁹⁰

A lo largo de 1912 la lucha entre zapatistas y el gobierno fue de reducida intensidad, entre pocos y pequeños grupos rebeldes zapatistas y las tropas del general Felipe Ángeles, quien había recibido instrucciones de Madero de que la lucha no fuera excesivamente violenta.⁹¹